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La problematica del Lago Ypacarai y su cuenca requiere insistir fundamentalmente en la proteccion y recuperacion de humedales, pues estos actuan como sistemas depuradores. Asi como el control de las fuentes de contaminacion, el tratamiento de los liquidos cloacales e industriales insistiendo en la regulacion de las fuentes aportantes de nitrogeno y fosforo, el control y manejo adecuado de los residuos solidos urbanos e industriales, el uso correcto de la tierra/ordenamiento territorial, el control de la erosion, el control de las cargas difusas de contaminacion tanto agricola como pecuaria, reforestacion, el establecimiento de redes hidrometricas fijas, inversion en tecnologia de monitoreo entre otros.
De acuerdo con el monitoreo de la calidad del agua con enfasis en cianobacterias, se registraron;
En cuanto a los resultados de analisis bacteriologicos, los resultados obtenidos indican valores bajos de Coliformes Fecales en las estaciones Muelle de San Blas, Playa Municipal de Ypacarai y Playa Rotonda.
Tambien se identifico que las estaciones 5.2 (Aº Yuquyry) y 6.7 (Aº Ypucu) presentan valores elevados de Coliformes Fecales, 3.780 y 1.325 UFC/100cc respectivamente. Estos valores indican el avance de la presion urbana sobre los humedales (principalmente en los del sistema del Pirayu por parte de la Ciudad de Ypacarai).
Los valores registrados en los arroyos de la cuenca, indican que los principales causes aportantes al lago, siguen presentando caracteristicas de contaminacion similares a anos anteriores. En este sentido se menciona que la sub cuenca del arroyo San Lorenzo es la que mayor carga cloacal y de residuos solidos aporta al lago en atencion a la alta densidad poblacional y su proximidad al lago (la ciudad de San Lorenzo es la mas poblada en la cuenca), por lo que se requiere un enfasis particular en el control de la contaminacion. En un recorrido de inspeccion en la zona fue observada varias descargas cloacales en forma directa al arroyo, a lo que se suma la basura proveniente del mercado municipal, que con las frecuentes lluvias son arrastradas al arroyo San Lorenzo.
