DIRECTORA GENERAL: Dra. Carolina Ruiz Zorrilla
PROGRAMA NACIONAL DE DETECCIÓN NEONATAL/ PROGRAMA NACIONAL DE PREVENCIÓN DE LOS DEFECTOS CONGÉNITOS. (PIECITO)
Director: Marco Casartelli
PROGRAMA NACIONAL DE ATENCIÓN A PACIENTES OSTOMIZADOS (PRONAPO)
Directora: Lic. Natividad Velázquez
PROGRAMA NACIONAL DE ATENCIÓN INTEGRAL PERSONAS CON ENFERMEDADES LISOSOMALES (PAIPEL)
Directora: Q.F. Amanda Ferro.
PROGRAMA NACIONAL DE ATENCIÓN INTEGRAL A LOS TRASTORNOS DEL ESPECTRO AUTISTA (PNAITEA)
Encargada: Lic. Liz Curtido
DIRECCIÓN DE GÉNERO
Directora: Dra. Raquel Lovera.
DIRECCIÓN DE ANATOMÍA PATOLÓGICA
Directora: Dra. Fátima Muñoz
DIRECCIÓN DE SALUD INTEGRAL DE LA NIÑEZ Y ADOLESCENCIA (DIRSINA)
Directora: Dra. María Irrazabal.
DIRECCIÓN DEL PROGRAMA DE SALUD SEXUAL Y REPRODUCTIVA (DSSyR)
Directora: Dra. Cynthia Diaz.
DIRECCIÓN DE LOGÍSTICA
Directora: Lic. Lorena Florentín
DIRECCIÓN DE FORMACIÓN, MONITOREO Y GESTIÓN DE PROYECTOS
Directora: Lic. Cecilia Irazusta
DIRECCIÓN ADMINISTRATIVA DE PROGRAMAS
Directora: Lic. Lizzie Núñez
COMITÉ TÉCNICO NACIONAL DE VIGILANCIA EPIDEMIOLÓGICA DE MORBIMORTALIDAD, MATERNA Y NEONATAL (CTNVEMMMFyN)
Coordinadora: Dra. Rosa Villalba